В честь С. А. Лебедева в Киеве названа улица.

В честь С. А. Лебедева в Нижнем Новгороде названа улица.

Российская академия наук учредила премию имени С. А. Лебедева — за выдающиеся работы в области разработок вычислительных систем.

Институт точной механики и вычислительной техники им. С. А. Лебедева.

Имеется памятник Лебедеву в Киеве, а также мозаика из разноцветного дерева внутри ИТМиВТ.

На стене дома по адресу улица Новопесчаная дом № 21, в котором жил Лебедев, установлена мемориальная доска.